Alle Van Nature leden en VN-partners zijn aangesloten bij de onafhankelijke organisatie Food Compass (Stichting Monitoring Voedingstuinbouw). Deze organisatie komt onaangekondigd controleren op residuanalyses, met als doel een nationale monitoring te realiseren.

Van Nature heeft ook een eigen residuanalyse-controlesysteem voor alle VN-telers en VN-partners ingesteld. Door regelmatige steekproeven bij de teler alsook bij de handelshuizen, streven wij een nog hogere levensmiddelenzekerheid voor de consument na. Om de 2 weken zijn er steekproeven, waarbij de VN-partners zelf beslissen welke producten uit Nederland of een ieder ander land van herkomst onderzocht worden.